Çankaya Üniversitesi’nde iş ve çevre güvenliği önem gösterilen konular arasındadır. 6331 sayılı İş Sağlığı ve Güvenliği Kanunu kapsamında üzerine düşen yükümlülüklere ek olarak, çalışanlarının hem fiziksel, hem de ruhsal sağlık ve güvenlikleri için gereken tüm önlemleri alır. Çankaya Üniversitesinde tam zamanlı çalışan bir işyeri hekimi ve iş güvenliği uzmanı bulunur. Öğrenci, akademisyen ve çalışanlarımızın sağlığı, Çankaya Üniversitesi için en önemli konuların başında gelir. Donanımlı Sağlık Merkezi, uzman doktorlar, uzman psikolog ve hemşireleriyle hizmet vermektedir. Kampüs bünyesindeki Sağlık Merkezinde poliklinik hizmeti, ilk yardım ve koruyucu sağlık hizmeti verilmektedir.
Üniversitenin tüm bölümlerini kapsayan acil durum planları ile risk değerlendirme analizleri sürekli güncellenmektedir. Acil durumları kapsayan tatbikatlar yapılıp çalışanlarımızın ve öğrencilerimizin duyarlılıkları artırılmaktadır. İş Güvenliği Kurulu 3 ayda bir toplanmakta olup iş sağlığı ve güvenliği konularında değerlendirmeler yapmaktadır. Çankaya Üniversitesi’nde tüm çalışanlara düzenli olarak iş sağlığı ve güvenliği eğitimi verilmektedir. Üniversite çalışanlarına periyodik olarak sağlık taramaları ve yaptıkları işe uygun tetkikler yapılmaktadır. Üniversite genelinde kullanılan iş ekipmanlarının ve tesisatların düzenli olarak bakımları yapılmakta olup dış kuruluşlar tarafından periyodik testleri de yapılmaktadır.